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MAFFT

Índice MAFFT

MAFFT é um software para Alinhamento múltiplo de sequências para sequências de aminoácidos ou nucleótidos.

17 relações: Alinhamento múltiplo de sequências, Aminoácido, Bioinformática, C (linguagem de programação), Clustal, Filogenética computacional, Linux, Macintosh, MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis, Microsoft Windows, MUSCLE, Nucleótido, PAUP, PHYLIP, T-Coffee, Transformada rápida de Fourier, Unix.

Alinhamento múltiplo de sequências

Alinhamento múltiplo de 27 sequências da proteína hemaglutinina da gripe aviária, colorado segundo a conservação de resíduos (mais escuro quanto maior conservação, acima) e suas propriedades químicas (abaixo). Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN.

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Aminoácido

Aminoácidos são compostos de carbono (C), hidrogênio (H), oxigênio (O) e nitrogênio (N) - também chamado de azoto em Portugal - e alguns contêm enxofre (S), como a metionina e a cisteína.

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Bioinformática

Mapa do cromossomo X humano (a partir do site NCBI). O mapeamento do genoma humano é uma das maiores conquistas da bioinformática Bioinformática é um campo interdisciplinar que corresponde à aplicação das técnicas da informática, no sentido de análise da informação, nas áreas de estudo da biologia.

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C (linguagem de programação)

C é uma linguagem de programação compilada de propósito geral, estruturada, imperativa, procedural, padronizada pela Organização Internacional para Padronização (ISO), criada em 1972 por Dennis Ritchie na empresa AT&T Bell Labs para desenvolvimento do sistema operacional Unix (originalmente escrito em Assembly).

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Clustal

Clustal é um programa de computador para alinhamento múltiplo de sequências amplamente usado.

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Filogenética computacional

Filogenética computacional é a aplicação de algoritmos computacionais, métodos e programas para a análise filogenética.

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Linux

Linux é um termo popularmente empregado para se referir a que utilizam o núcleo Linux.

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Macintosh

Diferentes computadores Macintosh. Macintosh (comumente abreviado para Mac desde 1998) é uma linha de computadores pessoais fabricados e comercializados pela empresa Apple Inc. desde janeiro de 1984.

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MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis

MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis, é um software livre disponível para ajudar cientistas e estudantes na elaboração de dendrogramas ou árvores filogenéticas usando sequências de nucleótidos ou proteínas.

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Microsoft Windows

Microsoft Windows (ou simplesmente Windows) é uma família de sistemas operacionais desenvolvidos, comercializados e vendidos pela Microsoft.

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MUSCLE

MUSCLE é frequentemente utilizado como um substituto para o Clustal, uma vez que normalmente (mas não sempre) dá melhor alinhamentos de seqüência e, além disso, o MUSCLE é significativamente mais rápido do que o Clustal, especialmente para alinhamentos maiores (Edgar 2004).

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Nucleótido

Em biologia molecular e bioquímica, é o bloco construtor dos ácidos nucleicos, o DNA (deoxyribonucleic) e o RNA (ribonucleic), formado pela reação de esterificação entre o ácido fosfórico e os nucleosídeos; é derivado da base azotada/nitrogenada.

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PAUP

PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) é um programa de filogenia computacional para inferir árvores evolutivas (filogenias), escrito por David L. Swofford.

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PHYLIP

PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) é um pacote de programas de filogenética computacional, de licença livre, para inferência de árvores evolucionárias (filogenias).

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T-Coffee

T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) é um software de alinhamento múltiplo de sequências que usa uma abordagem progressiva.

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Transformada rápida de Fourier

Em matemática, engenharia e em áudio profissional, a Transformada rápida de Fourier (do inglês: Fast Fourier Transform, abreviado FFT) é um algoritmo que calcula a Transformada discreta de Fourier (DFT) e a sua inversa (Teorema inverso de Fourier), criado pelo estatístico estadunidense John Tukey. A análise de Fourier converte um sinal do domínio original para uma representação no domínio da frequência e vice-versa. De grande importância em uma vasta gama de aplicações, de Processamento digital de sinais para a resolução de equações diferenciais parciais a, algoritmos para multiplicação de grandes inteiros. A transformada é amplamente utilizadas na engenharia, ciência e matemática. As ideias básicas foram popularizadas em 1965, mas alguns algoritmos foram obtidos em 1805. Uma Transformada rápida de Fourier calcula rapidamente essas transformações fatorizando a matriz da Transformada discreta de Fourier em um produto de fatores esparsos (principalmente zero). Como resultado, ele consegue reduzir a complexidade de calcular a Transformada discreta de Fourier de O\left(N^2\right), ou seja na ordem de n elevado ao quadrado, que surge se alguém simplesmente aplica a definição de Transformada discreta de Fourier, a O(N \log N), onde N é o tamanho dos dados. Em 1994, Gilbert Strang descreveu a Transformada rápida de Fourier como "O algoritmo numérico mais importante da nossa vida", e foi incluída no Top 10 Algorithms of 20th Century pela revista IEEE Computing in Science & Engineering.

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Unix

Unix é um sistema operativo portável, multitarefa e multiutilizador originalmente criado por Ken Thompson, Dennis Ritchie, entre outros, que trabalhavam nos Laboratórios Bell da AT&T.

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