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T-Coffee

T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) é um software de alinhamento múltiplo de sequências que usa uma abordagem progressiva.

17 relações: Alinhamento múltiplo de sequências, Árvore filogenética, Bioinformática, Clustal, Filogenética computacional, Filogenia, Formato FASTA, GNU General Public License, Linux, MAFFT, MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis, Microsoft Windows, MUSCLE, PAUP, PHYLIP, Protein Data Bank, Unix.

Alinhamento múltiplo de sequências

Alinhamento múltiplo de 27 sequências da proteína hemaglutinina da gripe aviária, colorado segundo a conservação de resíduos (mais escuro quanto maior conservação, acima) e suas propriedades químicas (abaixo). Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN.

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Árvore filogenética

Fig. 1: Exemplo de Arvore Filogenética Uma árvore filogenética, por vezes também designada por Árvore da Vida, é uma representação gráfica, em forma de uma árvore, das relações evolutivas entre várias espécies ou outras entidades que possam ter um ancestral comum.

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Bioinformática

Mapa do cromossomo X humano (a partir do site NCBI). O mapeamento do genoma humano é uma das maiores conquistas da bioinformática. Bioinformática é um campo interdisciplinar que corresponde a aplicação das técnicas da informática, no sentido de análise da informação na área de estudo da biologia.

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Clustal

Clustal é um programa de computador para alinhamento múltiplo de sequências amplamente usado.

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Filogenética computacional

Filogenética computacional é a aplicação de algoritmos computacionais, métodos e programas para a análise filogenética.

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Filogenia

Em biologia, filogenia (ou filogênese) é o estudo da relação evolutiva entre grupos de organismos (por exemplo, espécies, populações), que é descoberto por meio de sequenciamento de dados moleculares e matrizes de dados morfológicos.

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Formato FASTA

Em bioinformática, o formato FASTA é um formato baseado em texto para representar tanto sequencias de nucleótidos quanto sequencias de peptídeos, no qual os nucleotídeos ou aminoácidos são representados usando códigos de uma única letra.

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GNU General Public License

GNU General Public License (Licença Pública Geral), GNU GPL ou simplesmente GPL, é a designação da licença para software livre idealizada por Richard Matthew Stallman em 1989, no âmbito do projeto GNU da Free Software Foundation (FSF).

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Linux

Linux é um termo comumente utilizado para se referir a que utilizam o kernel Linux.

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MAFFT

MAFFT é um software para Alinhamento múltiplo de sequências para sequências de aminoácidos ou nucleótidos.

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MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis

MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis, é um software livre disponível para ajudar cientistas e estudantes na elaboração de dendrogramas ou árvores filogenéticas usando sequências de nucleótidos ou proteínas.

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Microsoft Windows

Microsoft Windows (ou simplesmente Windows) é uma família de sistemas operacionais desenvolvidos, comercializados e vendidos pela Microsoft.

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MUSCLE

MUSCLE é frequentemente utilizado como um substituto para o Clustal, uma vez que normalmente (mas não sempre) dá melhor alinhamentos de seqüência e, além disso, o MUSCLE é significativamente mais rápido do que o Clustal, especialmente para alinhamentos maiores (Edgar 2004).

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PAUP

PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) é um programa de filogenia computacional para inferir árvores evolutivas (filogenias), escrito por David L. Swofford.

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PHYLIP

PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) é um pacote de programas de filogenética computacional, de licença livre, para inferência de árvores evolucionárias (filogenias).

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Protein Data Bank

O PDB (Protein Data Bank; em português: Banco de Dados de Proteínas) é um banco de dados em 3D de proteínas e ácidos nucléicos.

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Unix

Unix é um sistema operativo portável, multitarefa e multiutilizador originalmente criado por Ken Thompson, Dennis Ritchie, Douglas McIlroy e Peter Weiner, que trabalhavam nos Laboratórios Bell (Bell Labs) da AT&T.

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