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AMBER

Índice AMBER

AMBER (um acrônimo para Assisted Model Building with Energy Refinement) é uma família de campos de força para dinâmica molecular de biomoléculas desenvolvido originalmente pelo grupo de Peter Kollman na Universidade da Califórnia em São Francisco.

Índice

  1. 23 relações: Acrónimo, Análise numérica, Biomolécula, C (linguagem de programação), Campo de força (química), CHARMM, Compilador, Dinâmica molecular, Eletrostática, Forças de Van der Waals, Fortran, GROMACS, Poço de potencial, Série de Fourier, Simulated annealing, Sistema operacional tipo Unix, Somatório, Termo (lógica), Universidade da Califórnia em São Francisco, Universidade de Utah, Universidade Rutgers, Universidade Stony Brook, Visual Molecular Dynamics.

  2. Campos de força

Acrónimo

Um (do άκρος, 'ponta, extremidade' + ὀνομα, 'nome') é uma sigla formada pela redução de intitulativos às primeiras letras ou sílabas iniciais dos componentes de um intitulativo, resultando em uma palavra ou quase palavra.

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Análise numérica

''Clay tablet'' Babilônio YBC 7289(c. 1800–1600 BCE) http://www.math.ubc.ca/~cass/Euclid/ybc/ybc.html com anotações. (Imagem por Bill Casselman) A análise numérica é o estudo de algoritmos de aproximação para a solução de problemas matemáticos.

Ver AMBER e Análise numérica

Biomolécula

Biomoléculas ou moléculas biológicas são moléculas presentes nas células dos seres vivos e que participam da estrutura e dos processos bioquímicos dos organismos.

Ver AMBER e Biomolécula

C (linguagem de programação)

C é uma linguagem de programação compilada de propósito geral, estruturada, imperativa, procedural, padronizada pela Organização Internacional para Padronização (ISO), criada em 1972 por Dennis Ritchie na empresa AT&T Bell Labs para desenvolvimento do sistema operacional Unix (originalmente escrito em Assembly).

Ver AMBER e C (linguagem de programação)

Campo de força (química)

Um campo de força é usado para minimizar a energia de alongamento da ligação desta molécula etano No âmbito da modelagem molecular, um campo de força (um caso especial de funções de energia ou potenciais interatômicos; não deve ser confundido com Campo de força na física clássica) refere-se à forma funcional e conjuntos de parâmetros usados para calcular a energia potencial de um sistema de átomos ou partículas em grãos grosseiros em simulações de mecânica molecular e dinâmica molecular.

Ver AMBER e Campo de força (química)

CHARMM

CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics) é um amplamente utilizado conjunto de campos de força para dinâmica molecular bem como o nome para o pacote de simulação dinâmica molecular e análise associado com eles.

Ver AMBER e CHARMM

Compilador

GCC versão 4.0.2 rodando em uma janela xterm. Um programa simples está sendo compilado e então executado. Um compilador é um programa de computador (ou um grupo de programas) que, a partir de um código fonte escrito em uma linguagem compilada, cria um programa semanticamente equivalente, porém escrito em outra linguagem, código objeto.

Ver AMBER e Compilador

Dinâmica molecular

Dinâmica molecular (DM) é um método de simulação computacional que estuda o movimento físico dos átomos e moléculas das quais se conhecem o potencial de interação entre estas partículas e as equações que regem o seu movimento.

Ver AMBER e Dinâmica molecular

Eletrostática

Eletrostática (do grego elektron + statikos, estacionário) é o ramo da eletricidade que estuda as propriedades e o comportamento de cargas elétricas em repouso.

Ver AMBER e Eletrostática

Forças de Van der Waals

Em físico-química, uma força de Van der Waals (ou interação de Van der Waals), nome dado em homenagem ao cientista holandês Johannes Diderik van der Waals, é a soma de todas forças atrativas ou repulsivas, que não sejam forças devidas a ligações covalentes entre moléculas (ou entre partes da mesma molécula) ou forças devido à interação eletrostática de ions Existem três interações distintas.

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Fortran

A família de linguagens de programação conhecida como Fortran foi desenvolvida a partir da década de 1950 e continua a ser usada hoje em dia.

Ver AMBER e Fortran

GROMACS

GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) é um pacote de dinâmica molecular projetado principalmente para simulações de proteínas, lipídios e ácidos nucleicos.

Ver AMBER e GROMACS

Poço de potencial

Um poço de potencial genérico. O poço de potencial representa a energia potencial em forma de poço envolvida num certo sistema e pode ser qualificado como finito ou infinito.

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Série de Fourier

Série de Fourier é uma forma de série trigonométrica usada para representar funções infinitas e periódicas complexas dos processos físicos, na forma de funções trigonométricas simples de senos e cossenos.

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Simulated annealing

Recozimento simulado (ou Simulated Annealing) é uma meta-heurística para otimização que consiste numa técnica de busca local probabilística, e se fundamenta numa analogia com a termodinâmica.

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Sistema operacional tipo Unix

Um sistema operacional do tipo Unix (Unix-like em inglês) referido também como UN*X ou *nix é um sistema similar ao Unix, não estando necessariamente de acordo com o Single UNIX Specification.

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Somatório

Em matemática, somatório ou somatória é a adição de uma sequência de quaisquer tipos de números, chamados parcelas ou somando; o resultado é sua soma ou total.

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Termo (lógica)

Em um dado sistema lógico, um termo é um nome associado a um objeto do universo de discurso.

Ver AMBER e Termo (lógica)

Universidade da Califórnia em São Francisco

A Universidade da Califórnia em São Francisco (University of California, San Francisco - UCSF) é uma das universidades do sistema da Universidade da Califórnia, localizada na cidade de São Francisco.

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Universidade de Utah

A entrada oeste da universidade. A Universidade de Utah (University of Utah) é uma universidade pública norte-americana de pesquisa localizada em Salt Lake City, no estado de Utah.

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Universidade Rutgers

A Rutgers, Universidade Estadual de Nova Jérsei (em inglês: Rutgers, The State University of New Jersey), também conhecida como Universidade de Rutgers (Rutgers University), é a maior instituição de ensino superior de Nova Jérsei, Estados Unidos.

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Universidade Stony Brook

A Universidade do Estado de Nova Iorque em Stony Brook, ou simplesmente Universidade Stony Brook (em inglês: Stony Brook University), é uma universidade pública dedicada à pesquisa localizada em Stony Brook, Nova Iorque.

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Visual Molecular Dynamics

O Visual molecular dynamics (VMD) é um programa de computador para modelagem molecular e visualização.

Ver AMBER e Visual Molecular Dynamics

Ver também

Campos de força