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Dinâmica molecular

Índice Dinâmica molecular

Dinâmica molecular (DM) é um método de simulação computacional que estuda o movimento físico dos átomos e moléculas das quais se conhecem o potencial de interação entre estas partículas e as equações que regem o seu movimento.

33 relações: AMBER, Aneesur Rahman, Avogadro (software), Berni Alder, Bioinformática estrutural, Bioquímica, Campo de força (química), CHARMM, Computação científica, Condições de fronteira periódicas, Cromodinâmica quântica na rede, Design molecular, EOn, Equação de Fokker–Planck, Formato de arquivo químico, GROMACS, GROMOS, Hidrônio, Instituto de Química da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Laboratório Nacional de Biociências, Martin Karplus, MD, Mecanismo de reação, Michael Levitt, Prêmio Aneesur Rahman, Proteína, Química quântica, Relaxação, Simulação de N corpos, Somatório de Ewald, Step (software), Transferência de energia de ressonância por fluorescência, Wavelet.

AMBER

AMBER (um acrônimo para Assisted Model Building with Energy Refinement) é uma família de campos de força para dinâmica molecular de biomoléculas desenvolvido originalmente pelo grupo de Peter Kollman na Universidade da Califórnia em São Francisco.

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Aneesur Rahman

Aneesur Rahman (Hyderabad, Andhra Pradesh, – Minneapolis) foi um físico indiano, pioneiro na aplicação de métodos computacionais para sistemas físicos.

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Avogadro (software)

Avogadro (software) é um editor molecular projetado para utilização multiplataforma em Química computacional, Modelagem molecular, Bioinformática, Ciência dos materiais e áreas afins.

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Berni Alder

Berni Julian Alder (Duisburgo, Alemanha, –) foi um físico estadunidense especializado em mecânica estatística, e um pioneiro da simulação numérica em física.

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Bioinformática estrutural

Bioinformática estrutural é um ramo da bioinformática focado no estudo de estruturas de moléculas, como por exemplo, DNA, RNA, proteínas e outros compostos menores.

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Bioquímica

Exemplo de proteína, uma das classes de compostos bioquímicos mais abundantesLaboratório de bioquímica. Bioquímica (química aplicada à biologia) é a ciência e tecnologia que estuda e aplica as ciências químicas ao contexto da biologia, sendo portanto uma área interdisciplinar entre a química e a biologia.

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Campo de força (química)

Um campo de força é usado para minimizar a energia de alongamento da ligação desta molécula etano No âmbito da modelagem molecular, um campo de força (um caso especial de funções de energia ou potenciais interatômicos; não deve ser confundido com Campo de força na física clássica) refere-se à forma funcional e conjuntos de parâmetros usados para calcular a energia potencial de um sistema de átomos ou partículas em grãos grosseiros em simulações de mecânica molecular e dinâmica molecular.

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CHARMM

CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics) é um amplamente utilizado conjunto de campos de força para dinâmica molecular bem como o nome para o pacote de simulação dinâmica molecular e análise associado com eles.

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Computação científica

A ciência computacional, também conhecida como computação científica, é um campo de rápido crescimento que usa recursos de computação avançados para entender e resolver problemas complexos.

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Condições de fronteira periódicas

Condições de fronteira periódicas em 2D. Condições de fronteira periódicas (CFPs) são um conjunto de condições de fronteira que são frequentemente escolhidas para aproximar um sistema grande (infinito) usando uma pequena peça chamada célula unitária.

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Cromodinâmica quântica na rede

A cromodinâmica quântica na rede ou QCD na rede é uma abordagem não-perturbativa à cromodinâmica quântica muito bem estabelecida.

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Design molecular

O Design molecular refere-se às atividades que envolvem o estudo, desenho, concepção, planejamento e experimentações realizados para criação de novos compostos moleculares.

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EOn

eOn foi um projeto de computação distribuída pelo BOINC, que utiliza técnicas de química teórica para resolver problemas em física da matéria condensada e na ciência dos materiais.

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Equação de Fokker–Planck

right A equação de Fokker–Planck, denominada assim por Adriaan Fokker e Max Planck, e também conhecida como equação avançada de Kolmogórov (por Andréi Kolmogórov, quem primeiro a introduziu em um artigo de 1931), descreve a evolução temporal da função de densidade de probabilidade que mostra a posição e a velocidade de uma partícula, ainda que possa ser generalizada a outro tipo de variáveis.

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Formato de arquivo químico

Este artigo discute alguns formatos de arquivo químicos ou moleculares comuns, incluindo o uso e conversão entre eles.

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GROMACS

GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) é um pacote de dinâmica molecular projetado principalmente para simulações de proteínas, lipídios e ácidos nucleicos.

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GROMOS

GROMOS é um campo de força para simulação de dinâmica molecular desenvolvido na Universidade de Groningen e no no em ETH Zurich.

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Hidrônio

é o nome usual para a forma mais simples de um catíon oxônio e se representa simplesmente por H3O+, ou ainda, para explicitar o meio aquoso solvente universal, por H3O+(aq).

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Instituto de Química da Universidade Federal do Rio Grande do Sul

O Instituto de Química (IQ) é uma unidade de ensino da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), operando no ensino de graduação e pós-graduação, extensão e pesquisa na área da Química.

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Laboratório Nacional de Biociências

O Laboratório Nacional de Biociências (LNBio) é uma instituição brasileira de pesquisa em biologia, especiamente focada para o uso da luz síncrotron.

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Martin Karplus

Martin Karplus (Viena) é um químico estadunidense nascido na Áustria.

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MD

MD - Em linguagem de documentos, de cunho oficial, é utilizada, antes do cargo, função atividade laboral, para honrar o destinatário com o termo MUI DIGNO.

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Mecanismo de reação

O mecanismo de reação é a descrição da sequência de reações elementares (aquelas que ocorrem em uma única etapa) que ocorrem em uma reação química.

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Michael Levitt

Michael Levitt (Pretória, 9 de maio de 1947) é um bioquímico e biofísico britânico nascido na África do Sul.

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Prêmio Aneesur Rahman

O Prêmio Aneesur Rahman (Aneesur Rahman Prize for Computational Physics) é um prêmio anual concedido desde 1993 pela American Physical Society.

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Proteína

Proteínas são macromoléculas biológicas constituídas por uma ou mais cadeias de aminoácidos.

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Química quântica

Química quântica é a teoria avançada igualada a química teórica, no qual aplicam-se ferramentas da mecânica quântica e teoria quântica de campos para abordar problemas em química.

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Relaxação

A relaxação no âmbito da Ressonância magnética nuclear (RMN) e da imagem por ressonância magnética (IRM), descreve a evolução das magnetizações em duas direcções distintas.

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Simulação de N corpos

Em física e astronomia, uma simulação de N corpos é uma simulação de um sistema dinâmico de partículas, geralmente sob a influência de forças físicas, como a gravidade (consulte o problema de N corpos para outras aplicações).

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Somatório de Ewald

O somatório de Ewald (ou, às vezes, a soma de Ewald) é um método de calcular as energias de interação de sistemas periódicos (e, em particular, cristais), e especialmente energias eletrostáticas.

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Step (software)

Step é uma máquina de simulações físicas bidimensionais em software livre que está incluído no KDE Software Compilation 4 como parte do Projeto Educacional do KDE.

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Transferência de energia de ressonância por fluorescência

Mecanismo do FRET Transferência de energia de ressonância por fluorescência (sigla em: FRET), transferência de energia por ressonância de Förster ou transferência de energia por ressonância (RET) é o mecanismo de transferência de energia de forma não-radiativa entre dois cromóforos, sem a necessidade de reabsorção de radiação eletromagnética.

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Wavelet

tit é uma função capaz de decompor e descrever ou representar outra função (ou uma série de dados) originalmente descrita no domínio do tempo (ou outra ou outras várias variáveis independentes, como o espaço), de forma a podermos analisar esta outra função em diferentes escalas de frequência e de tempo.

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