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Filogenética computacional

Índice Filogenética computacional

Filogenética computacional é a aplicação de algoritmos computacionais, métodos e programas para a análise filogenética.

43 relações: Algoritmo, Alinhamento de sequências, Alinhamento múltiplo de sequências, Aminoácido, Ancestral comum mais recente, Ácido desoxirribonucleico, Ácido ribonucleico, Árvore (estrutura de dados), Árvore filogenética, Cladística, Clustering, Conjunto de dados, Convergência evolutiva, Deleção, Distância genética, Espécie, Fóssil, Fenótipo, Filogenética molecular, Filogenia, Gene, Genoma, Grafo orientado, Hominidae, Homologia (biologia), Inserção (genética), Linear, Macaco, Matriz (matemática), Matriz de distâncias, Matriz de substituição, Método dos mínimos quadrados, Morfologia (biologia), Mutação, NP-completo, Nucleótido, Otimização, Proteína, Relógio molecular, Ruído (comunicação), Sistemática, Táxon, Valor esperado.

Algoritmo

Uma animação do algoritmo de ordenação quicksort de uma matriz de valores ao acaso. As barras vermelhas marcam o elemento pivô. No início da animação, estando o elemento para o lado direito, é escolhido como o pivô Em matemática e ciência da computação, um algoritmo é uma sequência finita de ações executáveis que visam obter uma solução para um determinado tipo de problema.

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Alinhamento de sequências

Na bioinformática, alinhamento de sequência é uma técnica de organizar as sequências de DNA, RNA ou proteína para identificar regiões de similaridade que podem ser consequência de relações funcionais, estruturais ou evolutivas entre as sequências.

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Alinhamento múltiplo de sequências

Alinhamento múltiplo de 27 sequências da proteína hemaglutinina da gripe aviária, colorado segundo a conservação de resíduos (mais escuro quanto maior conservação, acima) e suas propriedades químicas (abaixo). Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN.

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Aminoácido

Aminoácidos são compostos de carbono (C), hidrogênio (H), oxigênio (O) e nitrogênio (N) - também chamado de azoto em Portugal - e alguns contêm enxofre (S), como a metionina e a cisteína.

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Ancestral comum mais recente

O ancestral comum mais recente (ACMR; em inglês Most recent common ancestor ou MRCA) de qualquer grupo de organismos é o indivíduo mais recente do qual todos os organismos no grupo descendem directamente.

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Ácido desoxirribonucleico

Estrutura de um ADN Animação de um ADN de dupla hélice O ácido desoxirribonucleico (ADN, em português: ácido desoxirribonucleico; ou DNA, em inglês: deoxyribonucleic acid) é um polímero composto por duas cadeias polinucleotídicas que se enrolam umas sobre as outras para formar uma dupla hélice.

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Ácido ribonucleico

Estrutura do RNA. Bases duma molécula de ARN. O ácido ribonucleico (ARN, em português: ácido ribonucleico; ou RNA, em inglês: ribonucleic acid) é um tipo de ácido nucleico, uma molécula polimérica linear formada por unidades menores chamadas nucleótidos.

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Árvore (estrutura de dados)

Árvore, no contexto da programação, engenharia de software e ciência da computação, é uma das mais importantes estruturas de dados não lineares.

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Árvore filogenética

Fig. 1: Exemplo de Arvore Filogenética Uma árvore filogenética é uma representação gráfica, em forma de árvore, apresentando as relações evolutivas entre várias espécies ou outras entidades que possam ter um ancestral comum.

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Cladística

A Cladística (gr.cl. κλάδος.

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Clustering

O clustering ou análise de agrupamento de dados é o conjunto de técnicas de prospecção de dados (data mining) que visa fazer agrupamentos automáticos de dados segundo o seu grau de semelhança.

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Conjunto de dados

Um conjunto de dados ou "dataset" é uma coleção de dados normalmente tabulados.

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Convergência evolutiva

Convergência evolutiva ou evolução convergente é um fenômeno evolutivo observado em seres vivos quando estes desenvolvem características semelhantes de origens diferentes.

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Deleção

Deleção em um cromossomo Deleção é a designação dada em genética à perda total ou parcial de um segmento do cromossomo.

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Distância genética

Distância genética é uma medida da diferença de material genético entre diferentes espécies ou indivíduos da mesma espécie ou não.

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Espécie

A estrutura hierárquica da classificação científica usada em biologia Espécie (do latim: species, "tipo" ou "aparência"; abreviado: "spec." ou "sp." singular, ou "spp." plural), é um conceito fundamental da Biologia que designa a unidade básica do sistema taxonómico utilizado na classificação científica dos seres vivos.

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Fóssil

Peixe fóssil ''Rhacolepis Buccaulis'' do período Cretáceo (145-166 milhões de anos) da Formação Santana, Ceará, Brasil Os fósseis são restos de seres vivos ou de evidências de suas atividades biológicas preservados em diversos materiais.

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Fenótipo

''Donax variabilis'' exibem variação fenotípica para padrões e coloração das conchas. Fenótipo (construção tardia usando os termos gregos φαίνω, «tornar aparente, jogar luz em» e τύπος, «tipo»), em genética, é o complexo das características morfológicas e funcionais observáveis de um organismo, produzido pela interação dos genes entre si e com o ambiente.

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Filogenética molecular

A filogenética molecular ou filogenia molecular, é um ramo da filogenia que analisa as diferenças moleculares hereditárias, principalmente nas sequências de DNA, para obter informações sobre as relações evolutivas entre os organismos.

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Filogenia

Em biologia, filogenia (ou filogênese) é o estudo da relação evolutiva entre grupos de organismos (por exemplo, espécies, populações), que é descoberto por meio de sequenciamento de dados moleculares e matrizes de dados morfológicos.

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Gene

Este esquema ilustra o gene eucarioto com relação à estrutura do DNA e um cromossoma (direita).Gene, em biologia, é a unidade fundamental da hereditariedade.

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Genoma

Em biologia, o genoma é toda a informação hereditária de um organismo que está codificada em seu DNA (ou, no caso de alguns vírus, no RNA).

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Grafo orientado

Um grafo orientado (direcionado). Um grafo orientado, grafo dirigido, grafo direcionado ou digrafo é um par G.

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Hominidae

Os Hominídeos formam uma família taxonômica dos grandes primatas, incluindo os quatro gêneros existentes.

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Homologia (biologia)

Homologia de vários ossos (mostrados em cores diferentes) dos membros anteriores de quatro vertebrados. Homologia (do grego ομοως, "igualmente" e λοlÄγος, "ciência", "razão")AMORIM, Dalton de Sousa.

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Inserção (genética)

Uma inserção genética é a adição de um ou mais pares de bases de nucleótidos em uma sequência genética.

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Linear

*Álgebra linear.

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Macaco

Macaco nas cavernas de Batu, na Malásia. Macaco é um termo de origem africana (provavelmente do banto makako) utilizado como designação comum a todas as espécies de símios ou primatas antropoides.

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Matriz (matemática)

Na álgebra linear, uma matriz é um quadro rectangular composto por números.

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Matriz de distâncias

Na matemática, ciência da computação e na teoria dos grafos, uma matriz de distâncias é uma matriz (array bidimensional) contendo as distâncias, tomadas em pares, de um conjunto de pontos.

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Matriz de substituição

Matriz PAM70 para 23 aminoácidos, calculada com o http://www.bioinformatics.nl/tools/pam.html serviço web do ''Wageningen University Laboratory of Bioinformatics'' (Laboratório de Bioinformática da Universidade de Wageningen) para tal fim. Em bioinformática e biologia evolutiva uma matriz de substituição, ou de pontuação, descrive o ritmo em que um caráter em uma sequência altera-se a outro caráter com o tempo.

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Método dos mínimos quadrados

O Método dos Mínimos Quadrados (MMQ), ou Mínimos Quadrados Ordinários (MQO) ou OLS (do inglês Ordinary Least Squares) é uma técnica de otimização matemática que procura encontrar o melhor ajuste para um conjunto de dados tentando minimizar a soma dos quadrados das diferenças entre o valor estimado e os dados observados (tais diferenças são chamadas resíduos).

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Morfologia (biologia)

Morfologia é o estudo da forma dos seres vivos, ou de parte dele.

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Mutação

Em Biologia, mutações são mudanças na sequência dos nucleotídeos do material genético de um organismo.

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NP-completo

Na teoria da complexidade computacional, a classe de complexidade é o subconjunto dos problemas NP de tal modo que todo problema em NP se pode reduzir, com uma redução de tempo polinomial, a um dos problemas NP-completo.

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Nucleótido

Em biologia molecular e bioquímica, é o bloco construtor dos ácidos nucleicos, o DNA (deoxyribonucleic) e o RNA (ribonucleic), formado pela reação de esterificação entre o ácido fosfórico e os nucleosídeos; é derivado da base azotada/nitrogenada.

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Otimização

máximo global em (''x, y, z'').

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Proteína

Proteínas são macromoléculas biológicas constituídas por uma ou mais cadeias de aminoácidos.

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Relógio molecular

O relógio molecular é uma técnica em evolução molecular para relacionar o tempo de divergência entre duas espécies com o número de diferenças moleculares medidas entre as sequências de DNA ou proteínas.

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Ruído (comunicação)

Na comunicação, ruído se denomina todo sinal indesejado que está justaposto a um sinal útil, ou seja, é o resultado de vários tipos de perturbações que tendem a atrapalhar uma informação quando ele é apresentado numa frequência considerável dentro da amplitude de todos os sinais.

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Sistemática

A sistemática é a área da biologia dedicada a inventariar e descrever a biodiversidade e compreender as relações filogenéticas entre os organismos.

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Táxon

Táxon (plural taxa, em latim, ou táxons, aportuguesado) é uma unidade taxonômica, essencialmente associada a um sistema de classificação científica.

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Valor esperado

Em Estatística, em teoria das probabilidades, o valor esperado, também chamado esperança matemática ou expectância, de uma variável aleatória é a soma do produto de cada probabilidade de saída da experiência pelo seu respectivo valor.

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