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Alinhamento de sequências

Índice Alinhamento de sequências

Na bioinformática, alinhamento de sequência é uma técnica de organizar as sequências de DNA, RNA ou proteína para identificar regiões de similaridade que podem ser consequência de relações funcionais, estruturais ou evolutivas entre as sequências.

16 relações: Algoritmo de Smith-Waterman, Algoritmo Needleman-Wunsch, Alinhamento múltiplo de sequências, Aminoácido, BLAST, Dedo de zinco, FASTA, Filogenia, Formato FASTA, GenBank, Heurística (computação), Homologia (biologia), International Standard Book Number, Mutação, Nucleótido, Programação dinâmica.

Algoritmo de Smith-Waterman

O Algoritmo de Smith-Waterman é um algoritmo bem conhecido para a realização de alinhamento de seqüências local; isto é, é elaborado para determinar as regiões similares entre duas seqüências de nucleotídeos ou duas seqüências de proteínas.

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Algoritmo Needleman-Wunsch

O algoritmo Needleman–Wunsch tem por objetivo realizar o alinhamento de seqüências global de duas seqüências (denominadas aqui de A e B).

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Alinhamento múltiplo de sequências

Alinhamento múltiplo de 27 sequências da proteína hemaglutinina da gripe aviária, colorado segundo a conservação de resíduos (mais escuro quanto maior conservação, acima) e suas propriedades químicas (abaixo). Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN.

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Aminoácido

Aminoácidos são compostos de carbono (C), hidrogênio (H), oxigênio (O) e nitrogênio (N) - também chamado de azoto em Portugal - e alguns contêm enxofre (S), como a metionina e a cisteína.

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BLAST

BLAST (sigla em inglês que significa: Basic Local Alignment Search Tool), é um algoritmo para comparar informações de sequências biológicas primárias, tais como seqüências de aminoácidos de diferentes proteínas ou nucleotídeos de seqüencias de DNA.

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Dedo de zinco

Representação da proteína Zif268 (azul) contendo três dedos de zinco em ligação ao DNA (laranja). Os iões de zinco (verde) estão coordenados com resíduos de aminoácidos na proteína. Os dedos de zinco são domínios proteicos que têm a propriedade de se ligarem ao DNA.

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FASTA

FASTA é um pacote de software para alinhamento de seqüências de ADN e proteínas descrito primeiramente (como FASTP) por David J. Lipman e William R. Pearson em 1985.

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Filogenia

Em biologia, filogenia (ou filogênese) é o estudo da relação evolutiva entre grupos de organismos (por exemplo, espécies, populações), que é descoberto por meio de sequenciamento de dados moleculares e matrizes de dados morfológicos.

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Formato FASTA

Em bioinformática, o formato FASTA é um formato baseado em texto para representar tanto sequencias de nucleótidos quanto sequencias de peptídeos, no qual os nucleotídeos ou aminoácidos são representados usando códigos de uma única letra.

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GenBank

Página inicial do GenBank GenBank é um banco de dados de anotações de sequências de nucleotídeos publicamente disponíveis e suas traduções de proteínas.

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Heurística (computação)

Em ciência da computação, inteligência artificial e otimização matemática, uma heurística (do grego εὑρίσκω "Eu encontro, descubro") é uma técnica projetada para resolver um problema mais rapidamente quando os métodos clássicos são muito lentos ou para encontrar uma solução aproximada quando os métodos clássicos não conseguem encontrar uma solução exata.

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Homologia (biologia)

Homologia de vários ossos (mostrados em cores diferentes) dos membros anteriores de quatro vertebrados. Homologia (do grego ομοως, "igualmente" e λοlÄγος, "ciência", "razão")AMORIM, Dalton de Sousa.

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International Standard Book Number

O International Standard Book Number, mais conhecido pela sigla ISBN, é o Número Padrão Internacional de Livro.

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Mutação

Em Biologia, mutações são mudanças na sequência dos nucleotídeos do material genético de um organismo.

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Nucleótido

Em biologia molecular e bioquímica, é o bloco construtor dos ácidos nucleicos, o DNA (deoxyribonucleic) e o RNA (ribonucleic), formado pela reação de esterificação entre o ácido fosfórico e os nucleosídeos; é derivado da base azotada/nitrogenada.

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Programação dinâmica

Programação dinâmica é um método para a construção de algoritmos para a resolução de problemas computacionais, em especial os de otimização combinatória.

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Redireciona aqui:

Alinhamento de sequencias, Alinhamento de seqüências, Identidade de sequências.

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