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T-Coffee

Índice T-Coffee

T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) é um software de alinhamento múltiplo de sequências que usa uma abordagem progressiva.

9 relações: Alinhamento múltiplo de sequências, Biopython, Clustal, DIALIGN-TX, FASTA, MAFFT, MUSCLE, Software de alinhamento de sequências, SplitsTree.

Alinhamento múltiplo de sequências

Alinhamento múltiplo de 27 sequências da proteína hemaglutinina da gripe aviária, colorado segundo a conservação de resíduos (mais escuro quanto maior conservação, acima) e suas propriedades químicas (abaixo). Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN.

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Biopython

Biopython é uma biblioteca ou uma suite de ferramentas escritas em Python para manipulação de dados biológicos.

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Clustal

Clustal é um programa de computador para alinhamento múltiplo de sequências amplamente usado.

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DIALIGN-TX

DIALIGN-TX é um programa de alinhamento múltiplo de seqüência escrita por Amarendran R. Subramanian e é uma melhoria substancial do DIALIGN-T, combinando estratégias de alinhamento gananciosas e progressivas em um novo algoritmo.

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FASTA

FASTA é um pacote de software para alinhamento de seqüências de ADN e proteínas descrito primeiramente (como FASTP) por David J. Lipman e William R. Pearson em 1985.

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MAFFT

MAFFT é um software para Alinhamento múltiplo de sequências para sequências de aminoácidos ou nucleótidos.

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MUSCLE

MUSCLE é frequentemente utilizado como um substituto para o Clustal, uma vez que normalmente (mas não sempre) dá melhor alinhamentos de seqüência e, além disso, o MUSCLE é significativamente mais rápido do que o Clustal, especialmente para alinhamentos maiores (Edgar 2004).

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Software de alinhamento de sequências

Esta lista de software de alinhamento de sequências é uma compilação de ferramentas software e portais web usados em alinhamento de sequências de pares e alinhamento múltiplo de sequências.

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SplitsTree

SplitsTree é um programa popular para inferir árvores filogenéticas ou, mais genericamente, redes filogenéticas de vários tipos de dados, tais como a alinhamento de sequências, uma matriz de distâncias ou um conjunto de árvores.

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